I ett krig försöker fienden i första hand förstöra militära anläggningar: flygfält, militära enheter, ammunitionsdepåer. I Atomic Fighter 2D tar du kontroll över ett stridsflygplan för att skydda himlen ovanför en militärbas. En skvadron fientliga attackflygplan och bombplan närmar sig redan den. Din uppgift är att hålla försvaret och aktivt attackera fienden längs hela fronten. Flytta jaktplanen till vänster eller höger, flytta bort från beskjutningen mot de flygande fiendeplanen och attackera och skjut dig själv, förstör planen ett efter ett. Samla olika bonusar i farten, de hjälper dig att hantera ett stort antal framryckande fiender i Atomic Fighter 2D.