För fans av genren flygande fåglar kommer Flappy Ball 3D att ändra gränssnittet lite och erbjuda kontroll över en basketboll istället för en fågel. Han kommer inte bara att flyga i luften, stödd av dig, han kommer också att behöva dyka in i de röda ringarna och detta är obligatoriskt. Varje dyk kommer att tilldelas en vinnande poäng. När man flyger mellan ringarna dyker hjärtan upp. Fånga dem för att fylla det stora hjärtat på den horisontella stapeln längst upp. När den är full kommer ett hjärta att dyka upp bakom bollen, som kommer att följa med den hela tiden. Om du missar bågen försvinner bollen och ett hjärta dyker upp som du kan kontrollera. Om det inte fanns något hjärta skulle Flappy Ball 3D-spelet ta slut.