Maffian i Japan heter Yakuza och är en mycket allvarlig kriminell organisation som verkar utanför lagen enligt sina egna regler. Behöver hon något tar hon det, oavsett liv och behov hos dem som står i deras väg. Samurai vs Yakuza introducerar dig för en samuraj som vill rädda sin by. Banditerna gillade henne på grund av det gamla templet som ligger på hennes territorium. I detta tempel finns flera värdefulla figurer, som Yakuzas chef ville äga. Vår hjälte stod i vägen för en hel maffiaarmé och kommer med din hjälp att slå tillbaka attacken från svartklädda rånare i Samurai vs Yakuza.