Fågelflytt är den årliga flyttningen av fåglar till varmare områden. När hösten väl kommer drar många fågelarter söderut för att överleva den kalla vintern. Ankor är en av dem, och i spelet hjälper du en anka att övervinna en svår flygning. Men först måste du välja en karaktär från hjältarna som presenteras i spelet: Pam, Mac, Uncle Dan, Gwen och Dax. Vilken som helst av dem kommer att lyda din kontroll. Handlingen i Migration Flappy Duck är att din fågel har fallit bakom flocken. När alla hennes släktingar flög iväg var hennes vinge skadad, men nu har den läkt och man kan försöka hinna ikapp flocken och flyga tillsammans. Men först måste du övervinna många hinder och slå kraftigt med vingarna utan paus i Migration Flappy Duck.