En farlig och äventyrlig värld av ninjor väntar på dig. Hjälten du kommer att kontrollera heter smeknamnet Ninja Ghost för hans förmåga att dyka upp och försvinna som ett spöke. Hjälten har inga övernaturliga förmågor, men han kan röra sig snabbt, hoppa högt, klamra sig fast vid väggar och slå ner fienden och slå honom med sitt svärd. Det är dessa förmågor som du kommer att använda när du rör dig genom golvnivåerna för att förstöra alla terrorister som har erövrat byggnaden. Fiender är beväpnade med handeldvapen som kan träffa på avstånd, men medan kulan flyger kommer hjälten att kunna hoppa åt sidan och attackera en fiende som inte alls förväntade sig detta i Ninja Ghost.