Ninjapojken vill bevisa för sin lärare att han är redo för allvarliga utmaningar och att han kan anförtros ansvarsfulla uppgifter. I spelet Ninja Boy Flying gick han i hemlighet till ett farligt område bebott av rånare och alla möjliga kriminella element. Hjälten har för avsikt att köra den i hastighet, och där det är nödvändigt att övervinna breda hinder kommer han att använda en glidflygning. Fiender kommer att springa mot dig och du kan antingen hoppa över dem eller eliminera dem med ett skickligt kast av en shuriken - en stålstjärna med vassa kanter. Du måste snabbt reagera på hinder och ännu snabbare bestämma dig för hur du ska övervinna dem i Ninja Boy Flying.