I den lidande staden har skurkarna återvänt i Naruto 3D Game. Bokstavligen dagen innan handlade den gula hjälten om Huggy-monstren och stadsborna suckade lugnt, men leksaksmonstren ersattes av onda människor - svarta ninjor, och bara hjälten du känner väl under namnet Naruto kan hantera dem. En kille i en ljus jumpsuit med gult hår som sticker upp är redo att rädda staden igen. Längst upp till höger hittar du en karta där banditer är markerade med röda prickar. Använd ASDW-pilarna för att flytta hjälten, och så fort du hittar skurken, förstör honom, som Naruto vet hur. Klicka på musknappen så kommer hjälten att göra allt själv. Fienden kommer att falla om stången ovanför hans huvud försvinner i Naruto 3D Game.
