Svampriket har drabbats av en utomjordisk invasion. Utomjordiska robotar går längs plattformarna och gatorna och hotar alla invånare med sina järnklor. Mario är den enda som kan stå emot angriparen, han har redan ätit svamp, blivit en stor Super Mario, beväpnad sig med en hammare och stenar och är redo att slåss. Hjälp hjälten, han kommer att röra sig ganska snabbt, och genom att trycka på de valda knapparna i det nedre högra hörnet, få honom att antingen kasta sten eller slå fiendens huvud med en hammare. Det är bättre att kasta sten på större robotar. Och för små räcker det med ett kraftigt slag mot huvudet i Super Mario Run.
