En ung pojke Kyoto gick med i ninjakrigarnas hemliga ordning. Han skickades till bergen till ett speciellt tempel där akademin ligger, där alla början av krig utbildas. Idag har vår hjälte ett träningspass och du hjälper honom att genomföra honom i spelet Ninja Academy. Framför dig på skärmen ser du din karaktär, som står på innergården i templet. En speciell panel med kontrollknappar kommer att finnas under den. Med hennes hjälp kommer du att styra din hjältes handlingar. Objekt kommer att visas framför honom från olika sidor. Du som leder hjälten måste tillföra dem riktiga slag med hjälp av händer eller fötter. Varje exakt träff ger dig ett visst antal poäng. Efter att ha tränat slagen kommer du att gå vidare till att träna olika tekniker.