Den galna professorn Thomas gör återigen experiment i sitt hemliga laboratorium. Ett misslyckat försök att blanda olika kemikalier orsakade en explosion och bollar fyllda med giftgas dök upp i luften. Gradvis fyller de rummet. Du i spelet Professor Bubble Shooter måste hjälpa forskaren att bli av med dem. För detta kommer vår hjälte att använda en speciell kanon som avfyrar enskilda laddningar. Du måste hitta ett kluster av bubblor av samma färg och släppa en laddning med exakt samma färg genom dem. Således kommer du att förstöra dem och få poäng för det.