AtomLinker-spelet kan vara kort, eller det kan fortsätta på obestämd tid. Allt beror på din uppmärksamhet och skicklighet. Spelplanen är fylld med rutor med namn på kemiska grundämnen. Koppla ihop dem i kedjor med tre eller flera identiska. Inledningsvis kommer du att få tjugofem sekunders tid att spela, men om du kan skapa kedjor av fyra eller fler element kommer tid att läggas till. Ta inte blicken från spelplanen för att inte missa nästa kedja. Efter att element har tagits bort kommer bricklayouten att ändras i AtomLinker.
