Den vanliga dagliga promenaden med ett husdjur i Dogs vs Aliens slutade helt oväntat. Ägaren till hunden satt fredligt på bänken, och hans hund spelade bredvid gräsmattan. Några konstiga ljud dök upp, då dök en skugga ovanför husdjuret och hunden steg upp i luften. Hjälten blev först förvånad, men drog sig snabbt ihop och rusade åt sidan där hans husdjur flög. Snart hittades hunden, han satt i en bur som du lätt kan förstöra. Det visar sig att djuret kidnappades av främmande utlänningar. De är panikiga för att vara rädda för hundar och för att attackera och gripa jorden måste de bli av med husdjur. Du måste förhindra detta genom att befria hundar och förvandla dem till en formidabel armé mot en utlänning till hundar mot utlänningar.
