Ett visst program i personen av en mycket verklig varelse, utåt lik en person, vill lämna den digitala matrisen, och anledningen är att den kommer att förstöras i Matrix Escape. Hjälten vill hitta den så kallade bakdörren och för att göra detta måste han röra sig mycket snabbt. Matrisen är bestämd; den kommer att försöka skära av alla vägar. Allt du kan lita på kommer att försvinna på ett ögonblick, så du kan inte dröja ens en bråkdels sekund, utan ständigt gå framåt och hoppa från ett block till ett annat. Du behöver skicklighet, smidighet och snabb reaktion i Matrix Escape.
