Rymdlandningsstyrkan i Doom 2D skickades till Mars, där ett komplex som ägs av United Space Corporation ligger. Hemlig forskning om helvetet ägde rum där. Laboratoriet byggdes på en portal som en gång upptäcktes och forskare började studera den och möjligheten att använda den till mänsklighetens bästa. Till slut blev allt inte alls som planerat. Demoner klättrade ut ur portalen och attackerade kolonisterna. Fallskärmsjägaren måste hämta hemliga forskningsfiler på hårddiskar och rädda de som lever kvar. Hjälp honom, han måste flytta runt i lokalerna och slåss mot demoniska varelser i Doom 2D.
