En ninja ägnar flera timmar varje dag åt träning, och detta är nödvändigt för att inte tappa formen och inte tappa ansiktet i ett kritiskt ögonblick. Hjälten i spelet Jungle Runner är en skicklig och erfaren krigare, men hans träning tillfredsställer honom inte längre, det kommer för lätt för honom, vilket gör att han inte utvecklas. Därför bestämde sig hjälten för att gå in i djungeln och göra en vertikal löpning genom träden. Hjälten kommer att rusa uppåt med otrolig hastighet, och din uppgift är att se till att han inte kolliderar med någonting eller någon. Det visar sig att vår ninja inte är ensam i djungeln, dessutom kommer muterade bin i Jungle Runner att försöka stoppa honom.