Ninjan hade precis kommit tillbaka från en vandring och bestämde sig för att besöka sitt inhemska kloster, där han studerade och hans favoritlärare, som gav honom en enorm mängd kunskap och lärde honom att kontrollera sin kropp och ande. Han fann munkarna i förtvivlan och stor frustration. Dagen innan attackerade den röda samurajen klostret och stal en samling gamla stenar med runor. Dessa är heliga stenar som har förvarats i klostret i århundraden. Vår hjälte svor att lämna tillbaka allt stulet och gav sig genast iväg på sin resa. Hjälp hjälten i Ninja Run att uppfylla sitt heliga uppdrag. Ninjan kommer att springa, och du kommer att hjälpa honom att hoppa över hinder och över fiender i tid och samla stenar.
