Choo Choo Charles Revenge tar dig till ön Aranearum, där ett fruktansvärt monster frodas: en hybrid av en gigapider och ett tåg som heter Charles. En arkivarie, en monsterjägare, kunde en gång besegra ett monster genom att köra in det i en tunnel och täta det med en speciell skyddssköld. Men det blev ett misslyckande och Charles lyckades ta sig loss. Han letar igenom ön och letar efter offer, och du måste hitta honom. Achivarius är på semester, du måste kämpa utan honom, och du, till skillnad från monsterjägaren, kommer att gå istället för att åka tåg. Sök på ön, hitta monstret och förstör det i Choo Choo Charles Revenge.