Flera prototyper skapades i Matrix, och en av dem, nummer 09435, visade sig vara den mest framgångsrika. Det här är en digital pojke som började utvecklas på ett fantastiskt sätt snabbt och snart ville han utforska omvärlden. Han hittade ett sätt att lämna matrisen och gick vidare till Prototype Guy. Skaparna bestämde sig för att inte störa killen, de ber dig hjälpa honom att anpassa sig och övervinna hinder. Det är nödvändigt att hoppa över vassa spikar och fyrkantiga robotar. Förresten, robotar kan förstöras genom att hoppa direkt ovanpå dem. Om hindret inte övervinns kommer hjälten att börja om igen i Prototype Guy.
