Apokalypsen kan hända av olika anledningar, i spelet Apocalypse Run hjälper du hjälten som var i centrum av apokalypsen som dök upp som ett resultat av maskinernas uppror. Artificiell intelligens, vars utseende var så efterlängtad och så beundrad för sin snabba utveckling, beslutade att nu behöver den inte människor. Dessutom är de till och med skadliga, eftersom de gör allt fel, beter sig ofta irrationellt, förstör miljön och dödar sin egen sort. En stark tro har bildats i maskinens sinne att människan är det främsta onda på planeten och måste förstöras. Så började den systematiska förstörelsen av mänskligheten, och hjälten i Apocalypse Run vill undvika detta och du kommer att hjälpa honom att bekämpa robotarna.
