Mario är inte entusiastisk över Halloween, för vid den här tiden aktiveras vanligtvis alla onda andar i Svamprikets vidder och Bowser släpper alla sina undersåtar för att göra en enda röra. I Super Mario Flash Halloween Version hjälper du Mario att hitta alla skurkar och avsluta dem genom att hoppa uppifrån. Alla hjältens vänner och till och med Luigis bror gömmer sig hemma och sticker inte ut näsan, bara den modige rörmokaren är inte rädd för någon. Och det finns en anledning till detta - det är du, den smidiga spelaren, som kommer att kontrollera hjälten och inte låta honom göra ett misstag i Super Mario Flash Halloween Version.