När han reste runt i världen föll Naruto av misstag in i en portal som tog honom till skuggvärlden. Nu måste vår hjälte hitta hem. Du i spelet Naruto Shadow Adventures kommer att hjälpa honom med detta. Med hjälp av kontrolltangenterna kommer du att tvinga hjälten att gå framåt genom området. På vägen kommer han att övervinna olika hinder och fällor. Överallt kommer det att finnas utspridda mynt och andra föremål som din hjälte måste samla in. Om du stöter på invånarna i denna värld, shadow stickmen, måste du bekämpa dem. Genom att kontrollera Narutos handlingar kommer du att slå till mot fienden. Genom att förstöra fienderna kommer du att få poäng och plocka upp de troféer som kommer att falla ur den.