I riktning mot en liten bosättning i Japan rör sig en avdelning av rånare. De dödar dock lokalbefolkningen och plundrar byn. En modig ninjakrigare reste sig för att skydda lokalbefolkningen. Du i spelet Phase Ninja kommer att hjälpa hjälten att slåss mot skurkarna. Framför dig på skärmen kommer att vara synlig för området där din karaktär kommer att befinna sig. En fiendeenhet kommer att röra sig i hans riktning. Med hjälp av olika kastvapen och en båge med pilar kan du förstöra motståndare på avstånd. När fienden kommer nära drar du ditt svärd och ger dig in i närstrid. Genom att slå med ett svärd mot fienden kommer du att förstöra dem och få poäng för det. Efter fienders död kommer du att kunna plocka upp troféer som kommer att falla ur dem.