Någonstans i Sibirien finns en hemlig anläggning som tillverkar vapen som kan skada mänskligheten. Det är nödvändigt att ta reda på om detta är sant och att skaffa bevis. Endast spioner kan göra detta, och inte vanliga sådana, utan agenter av högsta klass. Det är dessa du kommer att möta i spelet Swap Spies. De heter Emma och Emma, bli inte förvånad, det här är fortfarande inte de riktiga namnen på hjältarna från den osynliga fronten. Men uppgiften de fick är svår även för dem, så hjältarna kommer att behöva din hjälp. Led en av dem genom labyrinten på varje nivå. För att göra detta måste du rensa vägen för spionen, ta bort lådor från banan och flytta dem, eller helt förstöra dem i Swap Spies.
