En Contra-fighter från en speciell elitenhet kommer att bli hjälten i spelet Metal Wings. Hjälten kommer att behöva möta otroliga motståndare - det här är monster i olika storlekar. De är starka, smidiga, har speciella förmågor, men det finns ett lämpligt vapen för alla och det kommer inte att skona någon. Vapen kan förbättras eller ändras till det som är mest lämpligt i just den här situationen. Soldaten har en viss erfarenhet, annars hade ingen tagit honom till en elitgrupp, men han kanske inte räcker till, så din hjälp är så nödvändig. Fienden är för stark, och eftersom dessa inte bara är dödliga, är det svårt att avgöra var hans svaga punkter finns. Först i tre strider kommer detta att bli tydligt i Metal Wings.