Den modiga ninjan från Kyoto måste, på instruktioner från chefen för hans order, gå till de mörka länderna och hitta forntida artefakter där. Du i spelet Ninja vs Zombies kommer att gå med honom i detta äventyr. Din hjälte kommer att behöva gå igenom många platser och övervinna olika faror. Horder av zombies strövar omkring på platserna som din hjälte måste slåss med. När hjälten går in i strid med dem kommer han att använda olika vapen. Genom att förstöra de levande döda kommer du att tjäna poäng, och du kan även samla troféer som faller ur dem. Med poängen du får kan du köpa olika vapen och ammunition till din karaktär i spelbutiken.