I spelet Atom War kommer du att åka till världen där de minsta partiklarna lever, som vi kallar atomer. Ett krig har börjat i den här världen och du kommer att delta i det. Du kommer att se din röda atom på skärmen framför dig. Den kommer att ha en viss storlek och ett litet kraftfält kommer att synas runt den. Runt din atom kommer andra partiklar att börja dyka upp med en blå färg. Du måste noggrant undersöka dem och hitta de som är mindre än din karaktär i storlek. Det betyder att dessa partiklar är svagare än din atom. Du måste jaga dem och sedan attackera. Genom att förstöra den blå atomen får du poäng, och din karaktär blir större och starkare.