En modig samuraj vid namn Jack är medlem i en hemlig orden som skyddar vår världs fred från olika monster från parallella universum. En dag kunde flera monster bryta igenom tidsportaler in i vår värld. Nu måste vår hjälte resa med hjälp av en speciell amulett enligt dessa tider. Där måste han hitta monstren och förstöra dem. Du i spelet Samurai Jack: The Amulet Of Time kommer att hjälpa samurajerna i dessa strider. Framför dig kommer din karaktär att synas på skärmen, som kommer att finnas i ett visst område. Framför honom kommer du att se ett monster. Med hjälp av kontrollnycklarna måste du tvinga din hjälte att attackera fienden. Genom att slå med ett svärd kommer du att förstöra fienden och få poäng för den.