Ett krig har börjat mellan ninja-klanerna som stödjer olika sidor i kampen mellan de ljusa och mörka krafterna. I spelet Ninja Legend hjälper du din hjälte att slå tillbaka de mörka ninjorna som attackerade klostret, där de förbereder de ljusa krafternas krigare. Framför dig på skärmen kommer du att se din karaktär beväpnad med en sköld och ett spjut. Fiendens spjut kommer att röra sig i hans riktning. Du, som kontrollerar din hjälte, måste beräkna kastbanan och kasta ett spjut mot fienden. Om ditt mål är korrekt, kommer spjutet att träffa fienden och förstöra honom. Spjut kommer också att kastas mot din hjälte. Du måste använda din sköld för att bekämpa dem. Din hjälte kan också använda olika magiska förmågor för att skydda eller attackera fiender.
