Den kända äventyraren Indiana Jones har upptäckt ett gammalt tempel gömt i bergen. Vår hjälte penetrerade det och hittade en gammal artefakt i templets djup. När han tog den aktiverades de gamla fällorna. Indiana kan dö och du i Temple Runner 3D-spelet måste hjälpa honom att komma ut ur templet. Framför dig kommer vår hjälte att vara synlig på skärmen, som kommer att springa längs vägen som leder från templet och gradvis öka hastigheten. På vägen för vår hjälte kommer det att finnas olika typer av hinder. Du som skickligt kontrollerar karaktären måste springa runt dem eller bara hoppa över. Överallt kommer du att se utspridda guldmynt som du måste samla. För varje mynt du plockar upp får du poäng.