Vatten eller någon annan vätska, som följer tyngdlagarna, kommer att rinna ner om den hittar en väg ut för sig själv, till och med en liten spricka. I Water Flow 3D måste du låta den flöda fritt för att fylla de fyrkantiga behållarna som finns längst ner. Antalet behållare kommer att variera, men du måste komma ihåg att du bara kan hälla vätska av motsvarande färg i dem. För att göra detta, öppna luckorna i rätt ordning. Ibland måste vätskor blandas och glaspartier måste brytas med tunga kulor i Water Flow 3D. Det finns många nivåer och de är olika när det gäller att ställa uppgifter.