Du uppmanas att besöka din värld av en liten röd varelse med en rund form. Han lever i en liten värld, bestående av plattformar, liknande brutna svarta linjer. Allt var bra tills det ögonblick då lila bollar började dyka upp på plattformarna. Först misstänkte ingen något dåligt, men när de kom på det visade det sig att dessa lila bollar inte är något annat än sniglar. De strövar runt i världarna och fångar dem och förvandlar dem till tomma obebodda utrymmen. Hjälp hjälten i Color Balls Of Goo att bli av med skadliga utomjordingar. För att göra detta måste du hoppa upp och röra vid dem. Försök samtidigt att inte ramla in på plattformarna. När alla sniglar är eliminerade, kommer en cirkulär portal att dyka upp för att gå till nästa nivå i Color Balls Of Goo.
