Ung kille Thomas från barndomen är förtjust i en sådan sport som gymnastik. Ganska ofta arrangerar vår karaktär små träningspass hemma för att hålla sig i form och behålla sin kropps flexibilitet. I Flex Run idag får du följa med honom i ett av dessa träningspass. Innan du på skärmen kommer du att se din karaktär, som kommer att vara i ett av rummen i hans hus. Din karaktär måste springa längs en specifik rutt. På hans väg kommer husgeråd och möbler att dyka upp. Genom att smart kontrollera din karaktär måste du hjälpa honom att undvika kollisioner med dessa objekt. Varje framgångsrik dodge du gör i Flex Run kommer att tilldelas ett visst antal poäng.
