Svampriket verkar inte vara så stort, och ändå har så mycket skräp samlats i det att det inte längre passar på en särskilt avsedd deponi. Kungen bestämde sig för att kasta allt i havet, men Mario är helt emot det. I Super Mario Transporter har han för avsikt att personligen ta bort allt avfall från sin hemort, dit det kommer att förstöras eller återvinnas. För detta förberedde hjälten flera typer av lasttankfartyg och andra fartyg. Men någon måste hjälpa hjälten att öppna dräneringsventilerna. Avfall kan inte förväxlas, det har olika färger och det måste matcha behållarens färg. Var ska du hälla dem. Öppna luckorna och blanda inte vätskor i Super Mario Transporter.