Det finns tillräckligt med skurkar i Gotham, och så snart Batman lyckas hantera en dyker en ny, mer uppfinningsrik och farlig upp. Den här gången i Batman Color Fall, uppstod något okänt geni som bestämde sig för att förstöra floden som rinner genom staden. Han tänker dumpa massor av giftiga mångfärgade vätskor i vattnet, vilket kommer att döda alla levande saker, och ett tråkigt träsk kommer att dyka upp istället för floden. Den giftiga vätskan har redan hällts i cisterner, som ligger på olika platser ovanför floden. Batman lyckades hitta detta geni och hantera honom, men nu måste han tömma den färgade vätskan och ta den så långt från staden som möjligt. Kör båtarna och töm lösningarna genom att öppna nödvändiga spjäll. Färgen på vätskan måste matcha färgen på båten i Batman Color Fall.
