Ultra Pixel Survive tar dig till pixelvärlden. Här bor en ung kille som heter Thomas. Idag går vår hjälte på en resa över landet, och du kommer att följa honom. Din karaktär kommer att synas på skärmen framför dig, som kommer att vara i ett visst område. Med hjälp av kontrollknapparna får du din hjälte att gå framåt. På vägen kommer din hjälte att möta olika fällor och andra faror som han måste övervinna under din vägledning. Ibland kommer karaktären att stöta på olika monster och vilda djur. Du kan förstöra dem med hjälp av en mängd olika vapen som din hjälte har i sin inventering.