Piraternas mål är gyllene piastrar, och ju fler, desto bättre. En enorm fregatt med ett team av pirater ombord under Jolly Roger -flaggan flyttar till en liten ö där kistor med guldmynt är gömda. Kaptenen vill hämta dem och gå i pension och dela dem mellan besättningsmedlemmarna. Men när man närmar sig ön dök plötsligt upp ett konstigt kluster av flerfärgade bubblor Bubble Shooter Pirates 3 och piastrar gnistrar mellan dem. Piraterna tyckte inte alls om detta och de bestämde sig för att skjuta bubblor för att hämta guldet. Justera din kanon och skjut. Om tre eller fler bubblor av samma färg kommer ihop sprängs de i Bubble Shooter Pirates 3.
