Spider-Man har ovanliga saker som händer ibland, och särskilt på sistone. Han kan somna i sitt hus och vakna på en helt annan plats. Detta är någon form av magi eller superteknik, du måste ta reda på det innan det blir värre. I spelet Marvel Ultimate Spider-man Mystery City kommer du och en superhjälte att befinna dig i en mystisk stad som inte finns på kartan. Mest troligt är han i ett parallellt universum. Spider-Man vill förstå hur han transporteras i rymden och varför just här. Att flytta runt i staden. Det är nödvändigt att hoppa och landa exakt på de blå brickorna, annars kan hjälten skadas i Marvel Ultimate Spider-man Mystery City.