En modig ninjakrigare med namnet Kyoto gick med i landets hemliga uppdelning. Hans uppgift är att eliminera maffias chefer. Idag i spelet Stealth Master 3D hjälper du honom att utföra olika uppgifter. Framför dig på skärmen ser du din karaktär, som är i byggnadens rum med ett vapen i händerna. Beväpnade vakter kommer att gå runt golvet. Du kommer att använda kontrollknapparna för att styra dina karaktärers handlingar. Du måste se till att han smyga sig smygande till fienden och sedan knivhögg med sitt svärd. Således kommer du att döda fienden och få poäng för det. Din uppgift är att rensa hela golvet från vakterna på detta sätt och döda chefen.