I de flesta av de befintliga spelen framträder ninjan framför oss som en modig osjälvisk hjälte och fighter. Han kämpar tappert med dem som har bytt till den mörka sidan eller med riktiga monster och monster, hugger frukt och grönsaker med ett skarpt svärd och lämpligt kastar shuriken stålstjärnor. I spelet Run Ninja möter du en helt annan karaktär. Egentligen ser du bara hans rygg och glittrande klackar. Vår ninja vill inte behärska stridskonsten, han är bortom sina befogenheter och han bestämde sig för att fly från klostret. Tja, detta är hans val och du måste bara hjälpa honom att övervinna den svåra vägen, prickad med hinder i samma gropar och fällor med spikar i Run Ninja.