Krig bröt ut mellan ninjans två order. Du i spelet Ninja Versus Ninja kommer att delta i denna konfrontation. I början av spelet måste du välja din karaktär. Under den får du vapen och ammunition. Efter det kommer din hjälte att vara i ett visst område. Din motståndare befinner sig i motsatta änden av platsen. Vid signalen måste du gå i hans riktning. Så snart du kommer nära börjar duellen. Du kan slå med ditt svärd eller använda kastvapen. Din uppgift är att döda fienden så snabbt som möjligt och få poäng för det. Han kommer också att attackera dig. Du måste undvika hans slag eller blockera dem med ditt svärd.