Den modiga riddaren Thomas går idag till de avlägsna områdena i riket för att rensa olika typer av fängelsehålor från monster. Du i spelet Hexa Dungeon hjälper honom i detta äventyr. En fängelsehallen visas på skärmen framför dig där din hjälte och hans motståndare kommer att vara. Längst ner på spelplanen finns ikoner i olika färger. Varje ikon är ansvarig för en specifik handling av riddaren. Om du till exempel vill utföra en kraftfull attack mot fienden, leta efter motsvarande färgikoner som står bredvid. Genom att ansluta dem med en linje tvingar du din hjälte att attackera och skada fienden.
