Nyligen är den ljusa och gästvänliga Bikini Bottom oigenkännlig, allt har förändrats mycket här. Zombieviruset infekterade nästan alla lagunens invånare, bara ett fåtal lyckades undkomma denna gissel. En grupp SpongeBob, Patrick, Mr. Crabbs, Sandy och Poankton försöker överleva. Men de vet ännu inte att nya utmaningar väntar dem. Ett farligt virus infekterade Bobs trogna vän, Patrick. En hemsk mutation ägde rum i den, och istället för en söt karaktär uppträdde horder av onda sjöstjärnor med en ful grågrön färg. De attackerar våra vänner, men Sandy hittade ett vapen och är redo att skjuta tillbaka. Hjälp ekorren att vinna denna kamp i Patrick inkräktare.