På en av öarna i Stilla havet var en hemlig regeringsbas lokaliserad där forskare utförde experiment på människor. Men här är besväret, försökspersonerna slog sig loss och förstörde de flesta av baspersonalen. Några av forskarna lyckades alla fly och låste sig i basens matsal. I Cry Islands-spelet måste du tränga igenom ön och förstöra alla mutanter. Din hjälte kommer att släppas av med helikopter i en viss del av ön. Med vapen redo måste du gå framåt och se dig omkring. Så snart du märker fienden måste du rikta ditt vapen mot fienden och öppna eld för att döda. Om du skjuter exakt på fienden kommer du att förstöra honom. För varje död får du ett visst antal poäng.
