En pojke som heter Jack är en välkänd huligan i staden som ständigt målar väggarna i stadsbyggnaderna. En gång kom han in på stationen och började rita en annan bild där. För detta fångades han av en polis och nu måste vår kille springa ifrån honom. I Rail Runner hjälper du Jack på detta äventyr. Framför dig på skärmen ser du din karaktär som kommer att springa längs järnvägsspåren och gradvis få fart. Olika hinder kommer att uppstå under vägen. När din hjälte är nära ett av hindren måste du använda vissa kontrollknappar. Då kommer din hjälte att hoppa och flyga över detta hinder. Om du inte har tid att reagera kommer han att krascha in på henne på språng och skadas.