Det är inte förgäves att vår ninja utmattade sig med utbildning i ett högbergskloster i många år. Tack vare dem blev han bäst i sin verksamhet, supersnabb och supersnabb. Och nu beror ödet för den värld där han vill leva på hans färdigheter och förmågor. Det finns ett hot mot en explosion vid ett kärnkraftverk. Den ligger långt från befolkade områden, men om en explosion inträffar kommer den att ha sådan kraft att den inte verkar för någon. Och från hjältens infödda by finns inte ens en handfull aska kvar. Du måste ta dig till stationen på några minuter och stänga av reaktorn. Det kan fortfarande göras, men förutom ninjaen har ingen den hastigheten. Men han måste springa, kringgå många hinder och här kan du inte göra utan att hjälpa honom att slutföra nivåerna innan tiden rinner ut i spelet Nuclear Ninja.