Titta i Mushroom Kingdom, en nödsituation hände igen - Princess Peach kidnappades. Men den här gången har den onda Bowser inget att göra med det, eftersom det inte är förvånande. Den stackars grejen drogs bort av ett ondt spöke och flög bort med gisslan till den mörka sidan av en helt annan värld, inte tillhör den där Mario bor. Den modiga rörmokaren måste korsa in i Minecraft-världen och hitta kidnapparen. En gång på ett utländskt territorium kommer Mario att bli som blockinvånare och det är inte förvånande, han har inget behov av att sticka ut. Hjälp hjälten i Super Mario MineCraft Runner rusa längs en lång väg med hinder som samlar mynt.
