I den andra delen av Virus Ninja 2-spelet hjälper du en modig ninja krigare att slåss mot olika virus. Innan du på skärmen kommer det att finnas en lekplan där olika bakterier kommer att visas. De kommer att röra sig i olika riktningar och i olika hastigheter. För att förstöra dem måste du använda ett svärd. Titta försiktigt på skärmen och kör objekt med musen. Således kommer du att slå på bakterierna och hugga dem i bitar. Ibland kan bomber visas bland dessa föremål. Du ska inte svänga dem.
