Den modiga ninja Kim fick en uppgift från sin chef för ordern att tränga in i den bevakade stadsbyggnaden och stjäla hemliga dokument därifrån. Du i spelet Hero Ninja hjälper din hjälte att slutföra denna uppgift. Din karaktär kommer att röra sig längs taken i stadsbyggnader och gradvis få fart. Under ditt ledarskap måste din karaktär hoppa och flyga genom mellanrummen mellan byggnaderna. Så snart du stöter på en fiende måste du klicka på skärmen med musen för att tvinga din hjälte att slå med svärdet och därmed förstöra hans fiender.