I det nya Ninja vs Ninja-spelet kommer du till världen där människor i boxen bor. Det finns ett krig mellan de två ninja-beställningarna och du kommer att gå med i en av dem. Din karaktär är en röd man. Han kommer att vara i rummet där hans motståndare är blå. Mellan dem kommer att finnas olika hinder och fällor. Du måste vägleda din karaktär genom alla dessa faror och attackera din motståndare. Med olika kastvapen förstör du fienden och får poäng för det.
