På din Flappy Submarine-ubåt måste du åka till territoriet för en annan stat och genomföra ubåtkonkurrens. Innan du på skärmen ser du havsbotten längs vilken ubåten gradvis tar fart. Att hon flöt i en viss höjd under vatten, måste du klicka på skärmen med musen. På din ubåts väg kommer att falla i olika fällor. Du måste kringgå dem och undvika kollisioner med dem.